มหาวิทยาลัยพะเยา ก่อนได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ได้อยู่ภายใต้การดูแลของมหาวิทยาลัยนเรศวร ซึ่งได้ตระหนักถึงความสำคัญของการกระจายโอกาสและการสร้างความเสมอภาคทางการศึกษา ประกอบกับมหาวิทยาลัยได้พิจารณาร่วมกับผู้ว่าราชการจังหวัดและสมาชิกผู้แทนราษฎรจังหวัดพะเยา รวมทั้งผู้แทนจากภาครัฐและเอกชนในการแก้ปัญหาเรื่องรายได้และการศึกษาของประชากรในจังหวัดพะเยา ซึ่งโดยเฉลี่ยอยู่ในระดับต่ำ จึงได้จัดโครงการกระจายโอกาสทางการศึกษาสู่จังหวัดพะเยาขึ้นเพื่อตอบสนองนโยบายของทบวงมหาวิทยาลัยที่สนับสนุนให้มหาวิทยาลัยขยายเขตการศึกษาออกสู่ภูมิภาค โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศในอนาคต ทบวงมหาวิทยาลัยจึงได้พิจารณานำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาให้ความเห็นชอบ ต่อมาคณะรัฐมนตรี ในคราวประชุมเมื่อวันที่ 8 ตุลาคม 2539 ได้มีมติให้ใช้ชื่อว่า มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา การจัดการเรียนการสอนระยะเริ่มแรกได้ใช้อาคารของโรงเรียนพะเยาพิทยาคมเป็นการชั่วคราว สำหรับสถานที่ตั้งถาวร มหาวิทยาลันนเรศวร ได้ร่วมกับทางจังหวัดพะเยาจัดหาสถานที่ตั้ง ณ บริเวณตำบลแม่กา อำภอเมือง จังหวัดพะเยา ประกอบด้วยที่ดิน จำนวน 5,727  ไร่ เมื่อการก่อสร้างได้แล้วเสร็จ จึงได้ย้ายมาสถานที่ตั้งถาวรและเปิดการเรียนการสอนตั้งแต่ปี 2542 เป็นต้นมา ต่อมาเมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม 2550 ในคราวประชุมครั้งที่ 13 (4/2550) สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อ "มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา" เป็น "มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา"
               เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม 2553 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 ขึ้น และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม 2553 จึงถือได้ว่า มหาวิทยาลัยพะเยา ได้แยกออกจากมหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐที่ไม่เป็นส่วนราชการอย่างเต็มรูปแบบ ถือได้ว่าเป็นข่าวที่น่ายินดีสำหรับชาวจังหวัดพะเยาที่มีสถาบันอุดมศึกษาที่มีคุณภาพผ่านการผลิตบัณฑิตและมหาบัณฑิตออกมารับใช้สังคมและประเทศชาติอย่างมากมาย ด้วยการนำของอธิการบดีและคณะผู้บริหารที่มีประสบการณ์และวิสัยทัศน์ที่รุดไปข้างหน้าอย่างไม่หยุดยั้ง เพื่อให้มหาวิทยาลัยพะเยาเป็นมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์แบบอย่างแท้จริง

                                                                                                  ศาสตราจารย์ ดร.สุจินต์ จินายน
                                                                                                   อธิการบดีมหาวิทยาลัยนเรศวร
              ในปี พ.ศ. 2538 วโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงครองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี มหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลกได้จัดโครงการกระจายโอกาสทางการศึกษาสู่จังหวัดพะเยา เป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติ ทั้งนี้สอดคล้องกับนโยบายของทบวงมหาวิทยาลัย ที่สนับสนุนให้มหาวิทยาลัยขยายเขตการศึกษาออกไปสู่ภูมิภาค มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา จึงถือกำเนิดขึ้นตั้งแต่ปีการศึกษา 2538 เป็นต้นมา   "สร้างโอกาสทางการศึกษา การแก้ปัญหาที่ยั่งยืน "  ในระยะเวลาที่ผ่านมา มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ได้เข้าไปมีส่วนร่วมในการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมภาคเหนือ โดยการผลิตบัณฑิตและพัฒนากำลังคนให้อยู่ในระดับสูงที่มีมาตรฐานสอดคล้องกับความต้องการของประเทศ ตลอดจนได้ยกระดับการศึกษาของประชากรในจังหวัดพะเยาและจังหวัดใกล้เคียงให้มีโอกาสได้รับการศึกษาที่สูงขึ้นถึงระดับปริญญา ดังปรากฏในปีการศึกษา 2550 มีผู้เข้าศึกษาต่อในระดับปริญญาตรีมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา กว่า 8,000 คน สอดคล้องกับรายงานจากสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ปี พ.ศ. 2548 ซึ่งได้ระบุว่าในช่วง 8 ปีที่ผ่านมา อัตราการศึกษาต่อของประชากรในภูมิภาคนี้ได้เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องและรายได้เฉลี่ยของประชากรในจังหวัดพะเยามีอัตราเพิ่มขึ้นด้วยเช่นกัน

(ที่มา : งานประชาสัมพันธ์ กองกลาง มหาวิทยาลัยพะเยา)

                                                                                       ศาสตราจารย์พิเศษ ดร.กาญจนา เงารังษี

               ศาสตราจารย์พิเศษ ดร.กาญจนา เงารังษี ขณะนั้นดำรงตำแหน่งรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้กล่าวว่าประชากรส่วนใหญ่ของจังหวัดพะเยา ประกอบอาชีพเกษตรกรรมมีรายได้น้อย เยาวชนไม่ได้รับการศึกษา เมื่อเรียนจบระดับมัธยมศึกษาตอนปลายแล้วส่วนใหญ่ไม่ได้เข้าศึกษาต่อในระดับมหาวิทยาลัย เนื่องจากฐานะทางบ้านยากจนและมหาวิทยาลัยอยู่ไกล ทำให้จังหวัดพะเยามีปัญหาโสเภณีและปัญหาการตกเขียวเด็กหญิงเพื่อไปเป็นโสเภณี จากปัญหาดังกล่าว ศาสตราจารย์พิเศษ ดร.กาญจนา เงารังษี ในฐานะที่เป็นคนจังหวัดพะเยา ได้ให้ความสำคัญต่อการแก้ไขปัญหาโสเภณีและปัญหาการตกเขียวเด็กหญิงในจังหวัดพะเยา จึงได้มีแนวคิดในการแก้ไขปัญหา โดยการขยายโอกาสทางการศึกษาเพื่อให้เยาวชนในพื้นที่ได้มีโอกาสทางการศึกษา จึงได้นำเสนอให้มหาวิทยาลัยนเรศวรมาจัดตั้งวิทยาเขตที่จังหวัดพะเยาและมหาวิทยาลัยนเรศวร ได้ตระหนักถึงความสำคัญของการกระจายโอกาสและการสร้างความเสมอภาคทางการศึกษา ได้พิจารณาจากแผนอุดมศึกษาระยะยาว (พ.ศ. 2532-2547) มหาวิทยาลัยนเรศวร จึงเข้าไปให้การศึกษาในชุมชนและท้องถิ่นตามบทบาทของสถาบันอุดมศึกษา ประกอบกับได้มีการเรียกร้องจากประชาชนชาวจังหวัดพะเยาทุกฝ่าย ทั้งภาครัฐและเอกชนขอให้มหาวิทยาลัยนเรศวรเข้าไปจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาที่เป็นระบบแบบถาวร มหาวิทยาลัยนเรศวรจึงได้เสนอขอจัดตั้งวิทยาเขตสารสนเทศขึ้นที่จังหวัดพะเยา

วิมล ปิงเมืองเหล็ก. (2559, 9 กันยายน). สัมภาษณ์

                                                                                                         นางลดาวัลย์ วงศ์ศรีวงศ์                                                                            

               นางลดาวัลย์ วงศ์ศรีวงศ์ อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรซึ่งในขณะนั้นได้รับเลือกให้เป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรของจังหวัดพะเยา ได้มีแนวคิดที่จะแก้ไขปัญหาโสเภณีและปัญหาการตกเขียวที่เกิดขึ้นกับเด็กหญิงในพื้นที่จังหวัดพะเยา โดยการใช้วิทยุในการสื่อสารเพื่อพูดถึงสถานการณ์การตกเขียวและการแก้ไขปัญหา ซึ่งปัญหาดังกล่าวต้องมาจากการพัฒนาการศึกษา พ่อแม่ ผู้ปกครองต้องส่งเสริมให้เยาวชนได้รับการศึกษา เยาวชนส่วนใหญ่ในจังหวัดพะเยา เมื่อเรียนจบระดับมัธยมศึกษาตอนปลายแล้วไม่ได้เข้าศึกษาต่อในระดับมหาวิทยาลัย เนื่องจากทางบ้านมีฐานะยากจนและมหาวิทยาลัยอยู่ห่างไกลจากจังหวัดของตน จึงได้มีแนวคิดจัดรายการวิทยุซึ่งเป็นช่องทางในการสื่อสารข้อมูลให้กับประชาชนในจังหวัดพะเยา โดยตั้งคำถามว่า "ท่านต้องการมหาวิทยาลัยไหม" ซึ่งได้มีผู้แสดงความคิดเห็นมากมายและเป็นประเด็นที่มีผู้คนกล่าวถึงอย่างต่อเนื่อง จนกลายเป็นการสื่อสารเพื่อให้เห็นความสำคัญที่ว่า "ทำไมพะเยาต้องมีมหาวิทยาลัย" ตัวแทนภาครัฐและเอกชนในจังหวัดพะเยา จึงรวมใจรวมพลังช่วยกันเรียกร้องเพื่อให้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัย โดยการจัดทำป้ายรณรงค์ ป้ายประชาสัมพันธ์และได้ทำหนังสือถึงรัฐบาลในยุคนั้น เพื่อให้รัฐบาลส่งผู้แทนเข้ามาสำรวจสถานที่สำหรับจัดตั้งมหาวิทยาลัย จึงกล่าวได้ว่า นางลดาวัลย์ วงศ์ศรีวงศ์ นับเป็นบุคคลที่มีบทบาทสำคัญในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยพะเยา จนเป็นผลสำเร็จและเป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกประจำจังหวัดพะเยา

(ที่มา : กองกิจการนิสิต มหาวิทยาลัยพะเยา)

                                                                                            พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ (ปวง ธมมฺปญฺโญ)  
                                                                                                        เจ้าอาวาสวัดศรีโคมคำ 
              แนวคิดในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยในจังหวัดพะเยา ผู้คิดริเริ่ม คือ พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ (ปวง ธมมฺปญฺโญ) เจ้าอาวาสวัดศรีโคมคำ ในยุคที่มีเรื่องรถไฟสายเด่นชัย-พะเยา โดยได้มีการจัดเวทีเสวนา ณ ศาลากลาง จังหวัดพะเยา นำโดยคณะผู้บริหารที่เป็นบุคคลสำคัญในช่วงเวลานั้น ซึ่งท่านได้เข้าร่วมเวทีเสวนาด้วย ท่านได้กล่าวไว้ว่า "พะเยาถึงเวลาเป็นเมืองตักศิลา" เหตุเพราะจังหวัดพะเยาต้องเป็นเมืองแห่งการศึกษา ศิลปะและวัฒนธรรมที่สร้างความรู้ สร้างปัญญาให้กับผู้คนที่อาศัยอยู่ในจังหวัดพะเยา

(ที่มา : กองกิจการนิสิต มหาวิทยาลัยพะเยา)

                                                                 ตราสัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยพะเยา

          ตราสัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยพะเยา มีลักษณะเป็นรูปสัตภัณฑ์สีขาว บนพื้นหลังรูปศิลาจารึกยอดกลีบบัวสีม่วง เหนืออักษรย่อ "มพ" สีม่วง ซึ่งเป็นตัวอักษร ฝักขามล้านนา ด้านล่างของอักษรย่อ มีชื่อมหาวิทยาลัยพะเยาสีม่วงและชื่อภาษาอังกฤษ UNIVERSITY OF PHAYAO สีขาว บนพื้นแถบโค้งสีทอง 

                                        สีประจำมหาวิทยาลัยได้แก่ สีม่วงและสีทอง

               สีม่วง   นั้นมาจากสีแดง ที่หมายถึง ชาติ และสีน้ำเงิน ที่หมายถึงพระมหากษัตริย์ 
               สีทอง   นั้นหมายถึง ศาสนา และความเจริญรุ่งเรืองของมหาวิทยาลัย "เปรียบได้ว่าเมืองพะเยา เป็นแหล่งวิทยาการมาตั้งแต่โบราณ"                                                                                            

                                  ต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัยพะเยา คือ ฟ้ามุ่ย

          ดอกฟ้ามุ่ยเป็นกล้วยไม้ มีชื่อทางวิทยาศาสตร์ว่า Vanda coerulea Griff. ex Lindle. คือ Orchidaceae เป็นกล้วยไม้ประเภทแวนด้า : ลักษณะความงดงามโดดเด่น ของฟ้ามุ่ยทำให้ถูกยกย่องว่าเป็นกล้วยไม้ป่าที่สวยงามที่สุดชนิดหนึ่งของโลก เนื่องจากชื่อ ฟ้ามุ่ย ที่แปลว่า ฟ้าหม่นหมองนั้น มีที่มาจากความสวยสดงดงามของกลีบดอกสีฟ้าอมม่วง จนทำให้สีของท้องฟ้าแลดูหม่นหมองไปเลยนั่นเอง

                      "เปรียบประดุจชื่อเสียงของบัณฑิตมหาวิทยาลัยพะเยา ที่จะเป็นคนดีมีคุณภาพ มีชื่อเสียงขจรขจายไปทั่วโลก"

พระพุทธภุชคารักษ์ พระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัยพะเยา

พระพุทธภุชคารักษ์ หมายถึง พระพุทธรูปที่มีพญานาคคุ้มครองรักษา
               พระพุทธภุชคารักษ์ พระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัยพะเยา เฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เนื่องในโอกาสทรงเจริญพระชนมายุ 60 พรรษา 2 เมษายน 2558 พระพุทธรูปปางนาคปรกประดิษฐานพระนามาภิไธย ส.ธ. ที่ขนดด้านหน้า เป็นพระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัย เพื่อเป็นศูนย์รวมจิตใจ และเป็นที่เคารพสักการะของผู้บริหาร คณาจารย์ บุคลากร นิสิต ตลอดจนประชาชนทั่วไป องค์พระมีขนาดความสูง 18.30 เมตร หน้าตักกว้าง 9 เมตร จำลองแบบมาจากพระพุทธรูปนาคปรกแห่งเมืองครหิที่สร้างในราวพุทธศตวรรษที่ 18 พระหัตถ์ทั้งสองวางในลักษณะปางมารวิชัยที่ด้านหน้าพระเมาลีมีรูปคล้ายใบโพธิ์ติดอยู่สังฆาฏิพาดบนพระอังสาซ้ายพันทบกันเป็นริ้วๆ ประดิษฐานบนเนินเขา ด้านหลังอาคารหอประชุมพญางำเมือง

ความเป็นมาของพระพุทธภุชคารักษ์
               มหาวิทยาลัยพะเยาได้รับพระราชทานพระราชานุญาตจัดกิจกรรมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เนื่องในโอกาสทรงเจริญพระชนมายุ 60 พรรษา 2 เมษายน 2558 และพระราชทานพระราชานุญาตให้มหาวิทยาลัยพะเยาจัดสร้างพระพุทธรูปนาคปรก ส.ธ. ให้เป็นพระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัยพะเยา ต่อมา โปรดเกล้าฯ พระราชทานนามพระพุทธรูปนาคปรกประดิษฐานพระนามาภิไธย ส.ธ. ว่า "พระพุทธภุชคารักษ์" ที่หมายถึง พระพุทธรูปที่มีพญานาคคุ้มครองรักษา 

พุทธลักษณะของพระพุทธภุชคารักษ์ 
              เมื่อเรากล่าวถึงพุทธลักษณะของพระพุทธภุชคารักษ์ จะเห็นว่าพระพุทธภุชคารักษ์ มีลักษณะอ่อนโยน มีเมตตา ซึ่งเป็นคุณลักษณะเฉพาะประจำพระองค์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี แฝงอยู่ในพระพุทธรูปประจำพระองค์ที่พระราชทานให้มหาวิทยาลัยพะเยา พระพุทธภุชคารักษ์ได้มีการจำลองรูปแบบและแนวคิดศิลปะมาจากพระพุทธรูปพระนาคปรกสมัยศรีวิชัยตอนปลาย ผสมผสานกับศิลปะสมัยสุโขทัย ที่มีอิทธิพลของศิลปะขอมเข้ามาปะปน มีลักษณะสำคัญคือ เป็นพระพุทธรูปทรงเครื่องปางสมาธิ ประทับนั่งบนขนดนาค 3 ชั้น มีเศียรนาค 7 เศียร พระพักตร์ของพระพุทธภุชคารักษ์ มีศิลปะสมัยสุโขทัยแฝงอยู่ กล่าวคือพระพักตร์เป็นลักษณะหน้านางหรือรูปไข่ ไม่เป็นสี่เหลี่ยมถมึงทึง พระเนตรหลุบต่ำเปี่ยมไปด้วยความเมตตา ส่วนพระกรมีลักษณะเล่นนิ้วพระหัตถ์ มีลักษณะสวยงาม นาคทั้งเจ็ดเศียรประดับด้วยเกล็ดเรียงซ้อนสวยงามแผ่พังพานพร้อมปกป้ององค์พระพุทธภุชคารักษ์อย่างองอาจมีพลังอำนาจ และที่ฐานของขนดนาคได้ประทับด้วยพระนามาภิไธย ส.ธ. ดูเด่นเป็นสง่าชายจีวรมีความอ่อนช้อยพลิ้วไหว มีองค์ประกอบศิลปะที่สามารถมองเห็นความงาม ให้ความรู้สึกที่อิ่มเอิบ ร่มเย็น เมตตา สงบสุข